Jsou centrálním orgánem státní správy odpovědným za tvorbu a realizaci zemědělské politiky, řízení přímých plateb a programů rozvoje venkova a správu fondů EU. Zajišťují legislativu a opatření v oblasti rostlinné a živočišné výroby, potravinové bezpečnosti, lesního hospodářství, vodního hospodářství a ochrany zvířat.